Die Naturschutzverbände, unter anderem der BUND für Umwelt- und Naturschutz, sind enttäuscht von der Regionalplanung – darunter auch in Bayern. Der Erhalt der Artenvielfalt und ein verantwortungsvoller Umgang mit Flächen seien nicht in die Planung eingeflossen. Nur einen Vorschlag zur Mobilitätsgestaltung hätte der Planungsausschuss der Regionalversammlung in den Regionalplan Donau-Iller berücksichtigt. Die Verbände kritisieren unter anderem, dass im endgültigen Entwurf des Regionalplans Flächen zum Abbau von Ressourcen nicht reduziert werden könnten.